有孔虫是一类具有壳和网状伪足的单细胞动物，大小近似于海边的一粒细砂，身体的直径多不足1毫米，所以也叫微体生物。有孔虫的大多数都有矿物质形成的硬壳，壳上多有开口，壳壁上还有许多小孔。有孔虫的身体由一团细胞质构成，细胞质分化为两层，外层又薄又透明，叫做外质；内层颜色较深，叫做内质。外质围绕着壳并且伸出许多根状或丝状的伪足，主要功能是运动、取食、消化食物、清除废物和分泌外壳。内质包在壳里，有一个或几个细胞核，而且还含有食物泡。它的壳常常多房室，房室间隔板具孔相通，因此得名有孔虫。

有孔虫种类繁多，包括1000多个属、34000多种，现今种类约6000余种，并且还以每天2个新种的速度飞快地增加，中国海约有1500余种。有孔虫数量丰富，分布广泛，可生活于各种各样的海洋环境，其壳体可反映出非常有用的环境信息，作为环境指示生物可用于许多研究领域，被誉为“大海里的小巨人”。

现代的有孔虫绝大多数都是海生的，只有少数生活在泻湖、河口等半咸水的环境里，也有极少数广盐性的可以生活在超过正常盐度的咸水里，还有极个别的可以生活在淡水里，如瓶形虫超科中的个别种属。大多数的有孔虫为底栖生活，少数为浮游生物。底栖的有孔虫通常都可以在海底缓慢移动，只有少数固着生长。

观察这样微小的生物只能在显微镜下进行，可以把底栖生活的海藻或其他动物的虫管放在显微镜下，那些缓缓而动的、有蓝白色壳者就是有孔虫。另外也可以取一点海沙，经0．15毫米孔径的筛筛洗，把筛洗漏过的沉积物烘干、放入饱和的四氯化碳溶液中搅动，那些漂在液面上的小白点就是有孔虫的壳。

显微镜下的有孔虫形态各异，有瓶状、螺旋状、透镜状……等。有孔虫壳的成分多种多样，包括蛋白有机质的假几丁质壳，自身和外来物粘合的胶质壳、硅质壳，但多数为钙质壳。具钙质壳者，有的单室、有的多室。多室壳是因为它们的身体长大，虫体流出的部分又形成第二个虫室，如此重复多次，最后形成了数目不等的室壳。在多室壳中，有的呈直线环环相套，有的呈螺旋形45°，90°，140°，180°不等，最大最后的壳室的开口就是壳口。有孔虫的壳面有的平滑无孔如瓷质（如粟虫等），有的壳面多孔，伸出的伪足可联成网状。

有孔虫经历了从寒武纪到现代的漫长岁月，其间不断演化发展，总的趋势是越来越繁盛，但是在不同地质历史时期又表现出一定的特征，使得整个发展过程形成几个高潮，分别出现在古生代的石炭纪到二叠纪、中生代的白垩纪以及新生代的始新世和中新世，现代则又是有孔虫的一个繁盛时期。

由于有孔虫的某些类群演变迅速，在地质历史中存留的时间短，因此常常成为相关时代的重要标准化石。尤其是因为它们体形小、数量多，同时它们的化石在钻井岩心和海底取样中比较容易被大量采集到，因而有孔虫在蕴藏有石油的地区进行井下海相地层对比、划分以及进行海洋地质研究等领域都能够发挥巨大的作用。

在沉积物中影响最大的大洋水层中浮游的有孔虫—抱球虫。抱球虫一般分布于0～200米的水层中，尤以6～30米最多。当虫体死后，其钙质遗壳就会逐渐沉积于海底形成软泥。抱球虫直径不足十多个微米，但天长日久、日积月累，致使现代大洋底的47％（太平洋36％、大西洋65％、印度洋54％）都覆盖着抱球虫软泥或有孔虫软泥。

有孔虫祖祖辈辈以海洋为家，生生死死永远不离海洋。没有海水的地方，找不到它们的踪影；海洋的边界到哪里，有孔虫就到哪里。它们活着的时候在那里繁衍、嬉戏，死亡以后就埋葬在那里。因此，有孔虫是海洋最有力的“见证人”，在揭开昔日沧海桑田之谜的艰难工作中成了地质学家的好助手。

在我国江苏省南通一盐城一连云港等地，沃野辽阔，水网密布，有谁能想到大海曾经受到广泛的海浸呢？然而，地下几十米深处却埋葬着许多有孔虫壳体。这些有孔虫化石就是十万年前后古黄海曾经到达这一地区的见证，说明那时的黄海比今日大得多。现在山东成山头以东海区，波涛汹涌，水深足有70～80米。可是那里的海底泥沙并非每一深度上都能见到有孔虫，那里的泥沙中还埋藏有陆上形成的泥炭和生活在淡水湖泊里的螺化石，这些又说明了在36000年前，今日的滔滔黄海也曾大部分都是桑田沃野。

此外，在远离海洋的我国内地，如北京、新疆、山西、陕西、湖北、四川等地也发现了有孔虫，同样证明以上地区曾几何时也是一片茫茫苍海！例如从北京平原钻取的岩芯中发现了有孔虫的标准化石，从而断定了北京平原的第四系下更新统地层的界限。此外，在冷水中的有孔虫壳比暖水中的小而孔少，尤以冰川时期更为明显。根据这一特征，有孔虫又可以被科学家用来作为冰川期和冰川后期古海洋、古气候的指示生物。